東京都高度育成高等学校、
それは進学率・就職率100％を誇り、
毎月10万円の金銭に相当するポイントが支給される夢のような学校。 しかし、その内実は一部の成績優秀者のみが
好待遇を受けられる実力至上主義の学校であった。

1年生3学期にCクラスへと昇格した綾小路たち
だったが、
1学年最終特別試験の結果、
Aクラスに惜敗し、再びDクラスへと降格。 2年生はDクラスからの再スタートとなった。

春休みを経て、綾小路は軽井沢と恋人関係となり、
堀北は優秀な兄・学にあこがれていた自分と決別。 少しずつ人間関係が変化する中で、
2年生へと進級する。

綾小路たち新2年生の最初の特別試験は、
新入生とパートナーを組んで行う筆記試験。 しかし、新入生の中には、月城が手配した
ホワイトルームからの刺客が紛れており――。

学年を超えた新たな関係が呼ぶのは、嵐か凪か。 2年目の学校生活の幕が今、切って落とされる。